SulkowskaLab - Interdisciplinary Laboratory of Biological Systems Modelling

26/11/2025

Serdecznie zapraszamy na wykład z serii "Zapytaj fizyka", który poprowadzi prof. Sophie Jackson z Uniwersytetu w Cambridge! 🧪Prof. Jackson przybliży różne aspekty świata białek zawęźlonych - temat bardzo bliski naszej grupie... A już w piątek o godz. 12:00 w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego prof. Jackson opowie o terapeutycznych peptydach! 🩺

🧡Zapraszamy na kolejny wykład z serii „Zapytaj fizyka”. Wykład zatytułowany: „A very knotty problem" odbędzie się we czwartek 27 listopada o godz. 18:00 w sali 0.03 na Wydziale Fizyki UW, ul. Pasteura 5. Prelegentką będzie prof. Sophie Jackson.
Prof. Sophie Jackson pracuje na Wydziale Chemii Uniwersytetu w Cambridge od 1995 r. Z tym uniwersytetem związana jest od czasu studiów doktoranckich, które odbywała także we współpracy z Imperial College. Po uzyskaniu doktoratu w 1991 r. odbyła staż podoktorski na uniwersytecie Harvarda. Prof. Jackson jest też członkinią Royal Society of Chemistry, Cambridge Philosophical Society, Biochemical Society, wielu paneli eksperckich i zespołów doradczych.
Grupa prof. Jackson zajmuje się różnymi aspektami biologicznej samo-organizacji peptydów i białek, ich strukturą, stabilnością oraz procesami zwijania. Wraz ze swoją grupą podjęła pionierskie badania nad właściwościami i ścieżkami zwijania białek zapętlonych, wykorzystując szeroki wachlarz technik eksperymentalnych. Ponadto opracowała nowatorskie metody badania potranslacyjnego zwijania takich białek i wpływu białek opiekuńczych na ten proces, wykorzystując wiele najnowocześniejszych metod biofizycznych, m.in. spektrometrię mas i szczypce optyczne.

Ogłoszenie o wykładzie:
https://zapytajfizyka.fuw.edu.pl/wyklady/sophie-jackson/

30/10/2025

‼️DOŁĄCZ DO NAS STAŻ‼️

Zapraszamy ambitne osoby studiujące na staż badawczy do naszego laboratorium! Łączymy zaawansowane techniki biologii strukturalnej i biochemii z najnowszymi metodami obliczeniowymi i sztuczną inteligencją, co daje unikalne możliwości rozwoju 💪👩🏻‍🔬

Jesteśmy otwarci na osoby studiujące kierunki doświadczalne (biologia, chemia, fizyka) oraz teoretyków, którzy nie boją się zamoczyć rąk 😉

Czym będziesz się zajmować?
🧪Projektowaniem enzymów: Wykorzystanie algorytmów uczenia maszynowego do racjonalnego projektowania nowych białek, biopolimerów oraz kwasów nukleinowych.
🧪 Eksperymentalną walidacją struktury, funkcji i właściwości nowych białek.
🧪Badaniem oddziaływań: Określanie funkcji biologicznych białek, w tym tych oddziałujących z kwasami nukleinowymi, co jest niezbędne do odkrywania nowych leków w ramach walki z antybiotykoopornością.
🧪 Zerknij w komentarz pod postem, aby lepiej sobie zobrazować tematykę związaną z naszymi badaniami!

Kogo szukamy?
Cenimy inicjatywę i zaangażowanie. Jesteśmy otwarci na osoby zarówno z doświadczeniem jak i bez niego, które wykazują dużą motywację do nauki 🎓 Istnieje również możliwość realizacji własnego, indywidualnie ustalonego tematu badawczego.

Co oferujemy?
🧬Stypendium: Oferujemy stypendium w wysokości 1000 - 2500 PLN miesięcznie (kwota zależna od dyspozycyjności, poziomu zaangażowania i doświadczenia).
🧬Elastyczność: Indywidualny dobór godzin i czasu trwania pracy, a także możliwość realizacji w zespole prac dyplomowych.
🧬Mentoring: Zapewniamy pełne wdrożenie i naukę unikalnych kompetencji w zakresie AI i zaawansowanych technik biochemicznych pod okiem doświadczonego zespołu w CeNT UW – kierowniczka laboratorium, dr hab. Joanna Sułkowska, prof. UW, jest wśród 2% najczęściej cytowanych autorów wydawnictwa Elsevier!
🧬Rozwój: Możliwość poszerzenia umiejętności poprzez wyjazdy do zagranicznych współpracowników oraz udział w konferencjach naukowych.

Jak się zgłosić?
Zgłoszenia (CV, obecny wykaz ocen, list motywacyjny) prosimy kierować do prof. Joanny Sułkowskiej na adres [email protected]. Na Wasze zgłoszenia czekamy do 11 listopada!

15/05/2025

We are happy to announce that our work, "AlphaLasso—a web server to identify loop and lasso motifs in 3D structure of biopolymers," has just been published in Nucleic Acids Research!
This achievement is the culmination of fantastic teamwork by Pawel Rubach, Jacek Płonka, Bartosz Ambroży, Fernando Bruno, Marta Korpacz, Joanna Sulkowska. Together, we have developed a server and database that opens up the fascinating world of lassos! The database provides information on lassos found in AlphaFold predictions, allowing researchers to calculate the topology of their structures. We warmly encourage you to explore its capabilities!
Access the AlphaLasso server here: https://alphalasso.cent.uw.edu.pl/
Read the full article here: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaf375/8126259

If you would like to learn more about lassos, we also encourage you to read our other publications:
“Complex lasso: new entangled motifs in proteins” https://doi.org/10.1038/srep36895
“Universe of Lasso Proteins: Exploring the limit of entanglement and folding landscape of proteins predicted by AlphaFold” https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.03.21.644650v1