Бластим

Бластим Работа и курсы в биотехе Биоинформатика, биоинженерия, персональная медицина

Эмоджи на филогенетическом деревеЭмоджи пронизывают современное общение. Они позволяют лаконично и удобно транслировать ...
17/12/2023

Эмоджи на филогенетическом дереве

Эмоджи пронизывают современное общение. Они позволяют лаконично и удобно транслировать эмоции в цифровом пространстве и пользуются невероятным успехом. Например, 👍 выражает согласие, а 🔥 волнение. К сожалению, параллельно с революцией в коммуникации в наши дни происходит кризис биоразнообразия. И смайлики, связанные с природой, тут становятся инструментом агитации в онлайн-дискуссиях и повышения осведомленности об исчезающих видах. В день дикой природы WWF провел акцию «вымершие эмоджи»: как только пользователь намеревался использовать смайлик животного, находящегося под угрозой исчезновения, появлялся алармистский пост о сокращении популяций организма. Записью нужно было поделиться, чтобы разблокировать значок.

Однако чтобы эффективно рассказывать о биоразнообразии, конечно, требуется широкий набор смайликов. Итальянские ученые в статье в iScience впервые количественно оценили такcономическую репрезентативность доступных эмоджи живых организмов. Они воспользовались Emojipedia, наиболее полным хранилищем смайлов, чтобы изучить, в какой степени их разнообразие представляет реальное древо жизни. Что в итоге?

В базе данных эмоджи 150 значков представляло 112 таксонов организмов. Грибы, растения и микроорганизмы были представлены, мягко говоря, неполно: например, всех Fungi иллюстрировал единственный смайлик 🍄, вероятно бледной поганки, тоже самое характерно для прокариот — их изображала одна кишечная палочка 🦠. В изобилии же — целых 92 значка — оказались, естественно, животные. Среди них позвоночные были значительно перепредставлены по сравнению с фактическим богатством видов, а членистоногие наоборот. А плоских червей и нематод вовсе проигнорировали. 🤯 Это отражает общий зооцентризм комьюнити пользователей, чуткость к наиболее близким к человеку видам.

Но ситуация, к счастью, улучшается! В 2015 году смайликов организмов насчитывалось всего 45, и они были сосредоточены только на самых ярких видах млекопитающих и птиц. Сейчас арсенал эмоджи в 2 раза больше. В 2020 году появился дождевой червь, а 2021 — красный коралл!

Для достижения справедливости предстоит еще много работы. Скажем, основанием для добавления эмоджи в библиотеку служит высокая частота его использования, что затруднительно для малоизвестных и забытых таксонов. Также проблему усугубляет отсутствие понятных и знакомых широкому кругу юзеров названий организмов. Но как из этого выкрутиться, у ученых мысли есть: к примеру, за иглокожими предлагают закрепить ключевое слово «морские звезды», а тихоходок именовать «водяными медведями».

Кого, на ваш взгляд, не хватает в сети: может быть, мшанок, коловраток или брахиопод? 😉

📢Кого зовет биоинформатика? Как электронщик в вычислительного биолога превратилсяИсследователь родом из Турции Адиль Мар...
17/12/2023

📢Кого зовет биоинформатика? Как электронщик в вычислительного биолога превратился

Исследователь родом из Турции Адиль Мардиноглу получил образование инженера по электронике и телекоммуникациям в Стамбульском Техническом университете. Но в 2010 году решил заняться биоинформатикой. И совершил, можно сказать, стремительный карьерный скачок: в 2015 получил должность ассистента, в 2018 — доцента, а спустя всего три месяца его взяли в знаменитый Королевский Колледж Лондона, где ученый стал одним из самых молодых профессоров системной биологии.

Сегодня Мардиноглу — признанный эксперт в области системной медицины и вычислительной биологии. Он изучает метаболические заболевания, нейродегенерации, рак. У него около 100 статей в топовых научных журналах, а еще он учредитель 6 стартапов, разрабатывающих таргетные препараты с помощью мультиомиксных подходов и ИИ. Прямо сейчас ученый интегрирует метаболические модели (GEMs) разных клеточных типов и онкоклеток с сигнальными сетями и интерактомом для выявления молекулярных механизмов болезней, идентификации биомаркеров и новых лекарственных мишеней.

❓В чем секрет успеха? Недавно биоинформатик дал интервью Nature, где рассказал о развитии отрасли и своем треке. Важные поинты:

— наборы данных растут быстрее, чем ресурсы для их тщательного анализа, поэтому существует острая потребность в новых талантах. Мардиноглу признается, что ему всё сложнее удерживать своих постдоков, потому что они востребованы, особенно в биомедицине/биофарме
— карьерный рост достаточно быстрый: аспирант Мардиноглу к окончанию обучения имел за плечами более 30 статей и уже устроился в NIH
— у ученых есть возможность найти себя в самых разных направлениях: собственно биоинформатике/системной биологии/ИИ/Big Data
— биоинформатика открыта для всех: туда идут биологи, врачи, химики, доучивая программирование, или айтишники, осваивая молекулярную биологию

По мнению Мардиноглу, биоинформатика удовлетворяет гностические потребности и дает финансовую стабильность. Мы с ним абсолютно согласны!💥

⚡️Вместо тысячи отчетов. Мы разузнали, чем в декабре 2023 года заняты люди науки на самом деле
14/12/2023

⚡️Вместо тысячи отчетов. Мы разузнали, чем в декабре 2023 года заняты люди науки на самом деле

⛄️ Словно свежими снежками, нас закидали отличными вопросами про NGSНа все самые популярные мы ответили на карточках! Ес...
12/12/2023

⛄️ Словно свежими снежками, нас закидали отличными вопросами про NGS

На все самые популярные мы ответили на карточках! Если вы тоже хотите получить мощную поддержку в освоении биоинформатики от топовых преподавателей и заботливых ассистентов, а также зарядиться мотивацией на весь следующий год, приходите учиться на курс: bit.ly/3Rmd7v0

👍 Тем более вдруг в вашей лабе в 2024 появится секвенатор — вы будете сразу подкованы в теме!

Всего-то после 11 лет, что пролетело с момента разработки Дженнифер Дудной и Эммануэль Шарпантье прорывной технологии, и...
12/12/2023

Всего-то после 11 лет, что пролетело с момента разработки Дженнифер Дудной и Эммануэль Шарпантье прорывной технологии, и вот уже одобрено первое CRISPR-лекарство. Историческое событие!

16 ноября британский фармрегулятор MHRA разрешил инновационный препарат Casgevy от двух наследственных гемоглобинопатий — серповидно-клеточной анемии (СКА) и тяжелой формы β-талассемии. При серповидно-клеточной анемии у пациентов наблюдаются мучительные боли, которые вызваны закупоркой сосудов аномальными эритроцитами. У больных β-талассемией не хватает гемоглобина, они страдают от анемии, что требует переливания крови каждые 3-5 недель.

Casgevy создавался совместно компаниями Vertex из США и CRISPR Therapeutics со штаб-квартирой в Швейцарии. В декабре ожидается, что зеленый свет лекарству предоставит и американский FDA.

💉Как это работает? Casgevy не таблетка, а сложная ex vivo генная терапия. У пациентов забирают гемопоэтические стволовые клетки и редактируют с помощью CRISPR. Генетические ножницы в этом случае нацелены на ген репрессора BCL11A, который подавляет экспрессию фетального гемоглобина. Именно благодаря активации HbF и достигается компенсаторный эффект. После модификации клетки возвращают пациентам, которым химиотерапией предварительно освобождают место в костном мозге. Огромный плюс Casgevy в том, что не нужно искать доноров и нет реакции иммунитета. В ходе клинических исследований 28 из 29 пациентов с СКА избавились от болевых кризов. 39 из 42 испытуемых с β-талассемией перестала требоваться трансфузия крови. Результаты впечатляют!

💸Но какова стоимость? С учетом необходимых манипуляций и инфраструктуры ожидается, что стоимость лечения составит $2 млн. Дороговизна сузит доступность новаторской терапии, притом, что СКА широко распространена в бедных странах Африки, где придает устойчивость к малярии.

Надеемся, что ограничения будут преодолены, и «иммунитет бактерий» поможет людям победить и другие недуги!

Самый быстрый WGS!Когда говорят, что секвенирование может спасти жизнь, это не фигура речи. Те же навыки, что, например,...
11/12/2023

Самый быстрый WGS!

Когда говорят, что секвенирование может спасти жизнь, это не фигура речи. Те же навыки, что, например, мы даем на курсе по NGS (bit.ly/4afh2CO), иногда становятся буквально витальными. Яркий кейс.

Осенью 2017 г. Мэверика Колтрина выписали из роддома, мальчик был совершенно здоров. Счастливые родители забрали сына домой, однако на 6-ой день он перестал есть, начались спазмы. Обеспокоенная мама обратилась в детскую больницу Рэди в Сан-Диего. Врачи провели всевозможные тесты, но не смогли поставить диагноз. Противосудорожные не работали, ребенку становилось хуже, кожа посинела...

Тогда специалисты из института геномной медицины предложили родителям сделать полногеномное секвенирование. Они предупредили, что результат не гарантирован, но папа с мамой без раздумий согласились.

Спустя 36 ч появился диагноз: пиридоксин-зависимая эпилепсия, вызванная редкой мутацией гена ALDH7A1. Малышу начали срочно вводить витамин B6, и он пошел на поправку. Сейчас Мэверик растет как все обычные дети.

Полногеномный анализ в типичном случае занимает около недели, но ученые научились проводить ультрабыстрое секвенирование! В 2018 г. генетики из Рэди под руководством педиатра Стивен Кингсмора выполнили диагностику за 20 ч и попали в книгу рекордов Гиннеса!

В 2021 г. этим же ученым удалось спустя всего 16,5 ч после получения образца крови установить причину энцефалопатии у младенца. Она была вызвана дисфункцией метаболизма тиамина, и ребенка спасли немедленными инъекциями витамина. Без сверхбыстрого секвенирования (rapid WGS) адекватное лечение было бы невозможно: энцефалопатия связана с 1,5 тыс. наследственных болезней, клинически неотличимых, но требующих уникальной терапии.

А в 2022 г. ученые из Стэнфорда с помощью нанопора и облачных вычислений поставили диагноз за 7 ч 18 мин!

Хотя секвенирование еще недешево, методы совершенствуются, а информация, полученная для младенцев пригодится не только сиюминутно, но и в последующей жизни для прецизионной медицины. Главное, чтобы его делали профессионалы.

🧬 Инновационная компания MyGenetics, специализирующаяся на ДНК-тестировании, ищет в команду молекулярного биолога/специа...
11/12/2023

🧬 Инновационная компания MyGenetics, специализирующаяся на ДНК-тестировании, ищет в команду молекулярного биолога/специалиста по секвенированию.

Предстоит:
— участвовать в проектах по высокопроизводительному секвенированию от постановки задачи до выдачи результатов;
— разрабатывать и внедрять NGS с нуля в новом для компании направлении;
— готовить NGS-библиотеки;
— обучать и адаптировать новых сотрудников;
— разрабатывать собственные тест-системы для платформы NGS;
— изучать и работать с новыми протоколами;
— интерпретировать результаты таргетного секвенирования;
— вести журнал, писать протоколы, инструкции.

От кандидатов ждут:
— высшее биологическое, химическое или медицинское образование;
— опыт самостоятельной подготовки библиотек для NGS, проведения NGS и выполнения всех сопутствующих процессу задач;
— знание методов молекулярной биологии, опыт экспериментальной работы в лаборатории;
— самостоятельное планирование работы и сроков ее выполнения;
— уверенное пользование ПК;
— знание английского языка от intermediate;
— внимательность, усидчивость, ответственность;
— сертификат Врач КДЛ/Биолог КДЛ будет преимуществом.

Зарплата:
Размер зарплаты по результатам собеседования: вилка от 80 до 120 тыс. руб

Компания предоставляет:
— возможность работать по проекту/контрактной основе на первоначальном этапе;
— гибкий график и возможность индивидуального графика работы;
— трудоустройство в компанию с первого дня (без стажировок);
— новую технически оснащенную лабораторию для качественной и продуктивной работы;
— возможность профессионального роста, готовность вкладываться в сотрудников, если эти знания принесут результат;
— прозрачную карьерную карту, выстроенную систему грейдов;
— минимум бюрократии, решение вопросов на встречах, а не через длинные цепочки писем;
— богатую корпоративную культуру: различные клубы по интересам, а еще занятия английским;
— свободу коммуникаций и политику открытых дверей.

👉 Откликнуться на вакансию можно по ссылке: bit.ly/4a8ZM21

Долгожданный, обновленный, неповторимый. Дайджест уютных курсов Бластима. Зима 2023-24! ❄️🧬Анализ NGS-данных29 января — ...
11/12/2023

Долгожданный, обновленный, неповторимый. Дайджест уютных курсов Бластима. Зима 2023-24! ❄️

🧬Анализ NGS-данных
29 января — 9 февраля
Классический и одновременно современный курс Бластима по анализу данных секвенирования 2 и даже 3 поколения! Разберемся с продвинутой биоинформатикой от SNV-calling до сингл селл и метагеномики. Приручим bash, R и Python.
Успейте предзаписаться по старой цене до 1️⃣ января!

Все подробности: bit.ly/419ip1G

🤖 ML на питоне для решения биоинформатических задач
13 февраля — 21 марта
Повторим азы статистики, освоим продвинутое программирование на пайтон, узнаем всё об алгоритмах машинного обучения от линейной регрессии до кластеризации, познакомимся с нейросетями и PyTorch.

Забронировать место: bit.ly/3uBExW5

🐍 Питон для новичков
26 февраля — 21 марта
Обучение самому популярному языку программирования с нуля. Автоматизируем рабочие процессы, выполним 3 проекта для портфолио и попрактикуем всё, что нужно для решения задач в дата-сайнс, биоинформатике и вообще любом ресёче.

Предзаписаться: bit.ly/3NuqJDF

🎁 Напоминаем, что курсы можно купить в подарок, а также мы периодически разыгрываем крупные скидки, так что не переключайтесь!

⚡️Вакансия в ГенериумеВ департамент генно-инженерных биологических препаратов требуется руководитель группы молекулярног...
11/12/2023

⚡️Вакансия в Генериуме

В департамент генно-инженерных биологических препаратов требуется руководитель группы молекулярного клонирования.

Локация: п. Вольгинский | Опыт: от 10 лет

Более подробное описание — на карточках.
Откликнуться можно на сайте: bit.ly/47Fs9mx

Хеллоуинские страшилки после такого покажутся цветочками🎃66 млн лет назад на Земле творился настоящий ад — мел-палеогено...
29/10/2023

Хеллоуинские страшилки после такого покажутся цветочками🎃

66 млн лет назад на Земле творился настоящий ад — мел-палеогеновое вымирание. Об эту историю сломано много копий, и в научных дискуссиях противопоставляются два события, возможно, породивших катастрофу. 💥Первое — удар огромного астероида, который оставил кратер Чиксулуб в Юкатане и вызвал появление в воздухе дымки, заслонившей солнце, что в итоге привело к похолоданию на Земле. 🌋Второе — мощный вулканизм в районе Деканских траппов в Индии. Бурные дебаты не стихают, ведь на кону разгадка тайны краха мира динозавров!

Исследователи из Дартмутского колледжа, наконец, попросили ИИ вынести соломоново решение. Вообще, у геологов есть косвенные данные о климате в те далекие времена. Например, по изотопам в ископаемых раковинах фораминифер можно узнать температуру океана и концентрацию CO2 в атмосфере. Но на этот раз ученые решили пойти обратным ходом: зная следствие, найти причину. Они использовали модель углеродного цикла в системе «океан-атмосфера-отложения» и применили байесовские методы машинного обучения. Компьютер смоделировал 300 тыс. сценариев содержания вулканических газов в атмосфере — CO2 (разогревает планету) и SO2 (охлаждает) — за миллион лет извержений! 128 процессоров работали параллельно, пока не подобрали газовый состав, который приводил бы к содержанию изотопов, фактически наблюдаемым в геологической летописи.

Полученные моделированием количества газов действительно были характерны для выбросов из Деканских траппов. И этих извержений было уже достаточно, чтобы вызвать массовую гибель животных и без метеорита. Вулканизм-то начался за 300 тыс. лет до падания астероида и способствовал медленному высвобождение разных по составу летучих веществ. Это искажало глобальный цикл углерода и вызывало колебания температуры то в одну, то в другую сторону. От климатических качелей страдала растительность, и далее по пищевой цепочке — рептилии. Хотя, как отмечают авторы работы, и метеориту дино тоже явно не обрадовались!🦖

Смехотворная зарплата, издевательства, дискриминация, харассмент, переутомление и постоянный стресс... Что-то из этого с...
25/10/2023

Смехотворная зарплата, издевательства, дискриминация, харассмент, переутомление и постоянный стресс... Что-то из этого списка знакомо? Согласно опросу 2018 года, проведенному Nature среди научных сотрудников и аспирантов, почти 39% респондентов страдали умеренной или тяжелой депрессией, 41% — тревожностью. Показатели в 6 раз выше, чем у населения в целом!😱

Кризис психического здоровья охватывает науку, и проблему уже нельзя просто замалчивать. По теме не так много литературы, а еще меньше организаций и ресурсов, куда можно обратиться за консультацией или помощью. Бластим предлагает начать открытое обсуждение и организует вебинар «Ментальное здоровье ученых. Основы».

На встрече мы поговорим о распространенности психических заболеваний в общей и академической популяции, конкретных их проявлениях, проведем обзор признаков и симптомов, характерных для научной среды. На вебинаре вы узнаете не только о причинах токсичности исследовательской культуры, но и методах, как можно помочь себе и коллегам.

🎤Спикер: Ольга Введенская, PhD, MD, специалист в области масс-спектрометрии, менеджер по научным коммуникациям и соосновательница организаций Dragonfly Mental Health и Sci.STEPS

🌐Когда: 31 октября, 18:00 мск

🔗Чтобы попасть на вебинар, регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/3tK1ZAe

Нам всегда кажется, что наше время придет, но, к сожалению, оно только уходит⌛️🕑Последние дни мы много рассказывали про ...
21/10/2023

Нам всегда кажется, что наше время придет, но, к сожалению, оно только уходит⌛️

🕑Последние дни мы много рассказывали про датасайнс, и если вы осознали, что вам пора освоить анализ данных, но никак не можете выкроить время на обучение, у нас есть решение! Через день, в понедельник 23 октября, мы начинаем нашу без преувеличения самую проработанную программу по статистике и R. Первая, интенсивная часть курса будет выкладываться в записи сразу после каждого урока, так что у вас будет время всё освоить в своем темпе до старта ключевого второго модуля — а он удобно пройдет в выходные 4-5 и 11-12 ноября! Еще на протяжении всех 3 недель, у нас будет чат с преподавателями и техническими ассистентами, где можно задавать вопросы и созваниваться с ТА один на один для коллективного брейншторминга сложных проблем. Кроме того, все лекции и материалы останутся и после окончания обучения, а также будет чат выпускников, где вы всегда можете попросить помощи или разобраться с темами, с которыми не успели во время занятий.

❓Если у вас есть любые вопросы, связанные с организацией, программой или оплатой курса, оставьте заявку. Мы с вами свяжемся и найдем оптимум. Если у вас уже есть свои датасеты, то пойти именно на курс по R будет рационально, ведь он единственный из всей линейки Бластима, куда можно прийти с данными «из дома» и обработать их силами лучших R-профессионалов.

👋Будем рады видеть каждого, кто горит наукой: bit.ly/48Vdvsq

Address

Moscow

Opening Hours

Monday 08:00 - 21:00
Tuesday 08:00 - 21:00
Wednesday 08:00 - 21:00
Thursday 08:00 - 21:00
Friday 08:00 - 21:00
Saturday 08:00 - 21:00
Sunday 08:00 - 21:00

Telephone

+79683509050

Alerts

Be the first to know and let us send you an email when Бластим posts news and promotions. Your email address will not be used for any other purpose, and you can unsubscribe at any time.

Contact The Business

Send a message to Бластим:

Share