-Hlavnou úlohou ústavu v oblasti fyzickej geografie, je skúmať štruktúru, dynamiku a antropogénnu transformáciu prírodnej krajiny, rôzne typy reliéfu a jeho funkciu v krajinnom systéme, ako aj komplexne študovať krajinné systémy so zvláštnym dôrazom na problémy prírodných hazardov.
-Základným cieľom výskumu v humánnej a regionálnej geografii je analýza časovo-priestorových aspektov ekonomických,
sociálno-kultúrnych a environmentálnych javov, procesov a štruktúr. Uskutočňuje sa aj integrovaný geografický výskum dynamiky prírodných a sociálno-ekonomických systémov v ich vzájomných väzbách, ako aj hodnotenie podmienok kvality života človeka a (udržateľného) lokálneho a regionálneho rozvoja.
-Výskum v oblasti geoinformatiky aplikuje geografické informačné systémy a metódy diaľkového prieskumu Zeme pri štúdiu štruktúry a dynamiky krajinných systémov rôznych hierarchických úrovní. Zaoberá sa ich mapovým vyjadrovaním a vytvára parciálne databázy, ktoré sú využiteľné v celoštátnom, regionálnom a lokálnom kontexte. Geografický výskum reaguje na aktuálne, geograficky relevantné problémy spoločnosti.
