02/06/2026
今日文章:『第三代奈米孔定序技術用於移植後嵌合體監測』
🎯異體造血幹細胞移植(allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation;allo-HSCT)是最主要治療血液惡性腫瘤(Hematologic Malignancies)的方式,在2017年GenDx與歐盟委員會在血液期刊(Blood)的嵌合體監控(Chimerism Monitoring)臨床研究文章後**,也呼籲在進行造血幹細胞移植(Hematopoietic Stem Cell Transplantation;HSCT)後需要重視嵌合狀態**。然而,供體年齡(Donor age)、人類白血球表面抗原(Human Leukocyte Antigen;HLA)匹配程度、供體類型(Types)、幹細胞來源(Stem cell)、T細胞在預防(Prophylaxis)移植物抗宿主病(Graft Versus Host Disease;GVHD)的耗損及處理強度皆會影響到嵌合性(Chimerism)和植入狀態(Engraftment)。
🚗小編在2025/07/17時,介紹日本對於包含了短縱列重複序列聚合酶連鎖反應(Short Tandem Repeat Polymerase Chain Reaction;STR-PCR)、定量即時聚合酶連鎖反應(Real-time PCR;qPCR)、次世代定序(Next Generation Sequencing;NGS)、微滴式數字聚合酶連鎖反應(droplet digital PCR;ddPCR)、性染色體螢光原位雜交(Fluorescent in situ hybridization for s*x chromatins;X/Y FISH)等,目前應用在allo-HSCT後嵌合性監測的各種方法與臨床優劣的研究。
💪而GenDx嵌合體監控的產品已具有qPCR、ddPCR、NGS:擴增子方式(Amplicon-based)及捕獲式(Capture-based)的嵌合性分析外,在近期更加入了基於第三代定序(Third-Generation Sequencing;TGS)的奈米孔技術 (Oxford Nanopore Technologies;ONT)的ONtrack (Eurobio/GenDx)技術,便可以標準化流程(Standardised workflow)進行更即時與靈活的單樣品測試(Single-sample testing)和批次分析(Batch analyses)。
🧠研究比較了NGS (AlloSeq HCT)和TGS (ONtrack)產品注意到技術的主要區別在於定序原理(Sequencing principles)、工作流程效率(Workflow efficiency)和操作靈活性(Operational flexibility),然而NGS是採用短讀長定序(Short-read sequencing)技術檢測單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism;SNP)標記(Marker),可偵測多個位點進行嚴格的品質控制,然而NGS處理時間較長且需對捐贈者(Donors)、受贈者(Recipient)預作基因分型(Genotyping)。相較之下,ONtrack採用長讀長定序技術來偵測插入/刪除(Insertion/Deletion;INDEL)標記,雖然較少位點(Loci)但周轉時間較短工作流程也較簡單。與qPCR/dPCR (0.1%)相比,ONtrack的靈敏度(Sensitivity)較低(0.5%),但自動化程度高、結果易於解讀有助於更快、更準確地做出臨床決策。
✨文章連結:
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tan.70770
** 2017年血液期刊的嵌合體監控(Chimerism Monitoring)臨床研究文章:
https://doi.org/10.1182/blood-2017-05-784306
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